Episodios: 51
Secuela directa de Rockman.Exe (Megaman Netwarrior en Latinoamérica) Como anime basado en un videojuego, toma bases de los juegos Megaman Battle Network 3 y 4 Ha pasado ya un tiempo desde las batallas contra el sindicato del crimen Gospel y contra el grupo WWW del Dr.Wily. El Dr. Hikari se encuentra muy ocupado con un experimento, los Synchro Chips, que usados en un Área Dimensional como la que había descubierto permite a un Operador fusionarse con su Net Navi. Pero de repente aparecen unos Navis misteriosos llamados Darkloids que pretenden sembrar el caos esta vez fuera del cibermundo materializandose en Áreas Dimensionales. ¿Podrán Netto y los demas hacer frente a estos Navis en el mundo real?
