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Año 0096 UC. Tres años después de la Rebelión de Char Aznable, la historia se centra en Banagher Links, un adolescente que vive en la Colonia Industrial 7. Allí conoce a una misteriosa joven, Audrey Burne, quien quiere parar una nueva inminente guerra que está a punto de estallar cuando el objetivo de ambos frentes quieren conseguir "La Caja Laplace", ¿pero qué es realmente?.
