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Cyborg 009 es una historia sobre nueve cyborgs experimentales (ocho hombres y una mujer), que fueron recopilados por el grupo terrorista malvado, Black Ghost. Esos nueve cyborgs con la ayuda de un científico se vuelven contra el control de Black Ghost. Black Ghost a su vez comienza a enviar más cyborgs para destruir sus primeros nueve cyborgs experimentales y causar destrucción en todo el mundo.