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Diez años después del comienzo de la era Meiji, un samurái vaga por Tokyo para encontrar una nueva vida junto a sus amigos, tratando de escapar de su pasado, el mayor asesino de la dinastía Edo, y jurando no volver a matar. Una antigua amenaza se cierne sobre la nueva era Meiji, el villano conocido como Shishio Makoto, el sucesor del Hitokiri Battousai que desapareció de repente al final de la era Edo. Shishio y su Juppon Gatana se están preparando para comenzar una revolución y corregir los actos erróneos de la influencia occidental.
