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Han pasado tres años desde que Sasuke se fue de Konoha con Orochimaru con el objetivo de conseguir poder para así vengarse de su hermano Itachi por matar a todo su clan, el clan Uchiha. En esos tres años, Naruto ha entrenado duramente con Jiraiya, y Sakura se ha convertido en una kunoichi médico muy fuerte gracias a su maestra, Tsunade. Ambos tienen un objetivo claro: traer a Sasuke de vuelta a Konoha. Pero antes de ir en busca de su objetivo se encontrarán con un nuevo y poderoso enemigo: la organización Akatsuki, a la que también pertenece Itachi.