Episodios: 51
Takato Matsuda, Ruki Matsuno y Lee Jenrya son niños que, por suerte, han recibido Digimon reales, a diferencia de los imaginarios en el juego de cartas que juegan. Cada uno de los niños, o "Digimon Tamers", tienen sus puntos de vista diferentes sobre cómo deben tratarse los Digimon. Pero cuando comienzan a aparecer otros Digimon alrededor de Japón, deben dejar de lado sus diferencias para defenderse de los intrusos digitales; A pesar de que Yamaki, quien es el jefe de una organización secreta llamada Hypnos, está tratando de eliminar a todos los Digimon.
