Episodios: 50
Tres años después de derrotar a Apocalymon, los niños elegidos continúan con su vida en el mundo real, pero aparece un nuevo villano, Ken Ichijoji (el emperador de los Digimon), que intenta dominar el Digimundo usando los aros malignos, las espirales malignas y las agujas de control para controlar a los Digimon y evitar que estos digievolucionen. Como el antiguo grupo de niños elegidos no puede volver al Digimundo, aparece un nuevo grupo de niños elegidos, y cada uno representa un emblema de los antiguos niños elegidos. Su misión será ir al Digimundo y detener al emperador mientras liberan a los Digimon que han sido dominados por este.