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Academia de duelo, una de las escuelas más prestigiosas en la historia de duelo de mostruos. Allí los estudiantes aprenden los fundamentos de convertirse no solo en duelistas, sino en grandes dueños de negocios. Yuki Judai es un nuevo estudiante con solo una cosa en mente: convertirse en el próximo Rey de los Juegos. Judai se encuentra con varios amigos, maestros e incluso enemigos en la gran escuela de duelo. Allí tendrá que enfrentarse a varios dormitorios diferentes para convertirse en el duelista número uno. Slifer Red, Ra Yellow y Obelisk Blue son los tres dormitorios. ¿Podrá Judai pasarlos a todos?