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En el mundo de Duel Monsters, una nueva generación de duelistas espera su turno para pujar por el título más alto: El Rey de los Juegos. Como aspirante a duelista, el despreocupado Juudai Yuuki se inscribe en la Academia de Duelos, una institución de renombre encargada de nutrir a estos posibles retadores. Sin embargo, en su primer día, la actitud relajada y descuidada de Juudai hace que llegue tarde a su examen de ingreso. Allí, se topa con una figura familiar que le confía el "Kuriboh alado", una carta que se convierte en el nuevo socio de Judai. Pronto, comienza a vivir como un duelista, pero ¿el destino y la oscuridad transformarán su realidad en algo más allá de su imaginación?