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Black Jack es un médico "sin licencia" con un pasado nublado y misterioso. Trabaja con su pequeña asistente Pinoko (que está enamorada de forma masiva del médico), que trata casos médicos no muy conocidos, que pueden ser extraños, peligrosos o que no se conocen en absoluto. Pero él es un genio y puede salvar casi la vida de cualquiera de sus pacientes (siempre que tengan el dinero para ello), y es conocido por muchos en todo el mundo, especialmente por los de la medicina y la ciencia. Él mismo es un hombre de ciencia, y no cree mucho hasta que lo ha visto, sin embargo, muchas veces se sorprende de que el amor y la naturaleza a menudo dominen la ciencia en la que basa su vida.
